Bệnh viện công ở Cần Thơ bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp

Bệnh viện bị đòi nợ thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo báo cáo và kết luận thanh tra của Thanh tra TP Cần Thơ (cũ) giai đoạn 2016 – 2018, Cục Thuế TP Cần Thơ đã ban hành quyết định truy thu nợ thuế thu nhập doanh nghiệp và các khoản phạt, tiền chậm nộp đối với 15 bệnh viện công lập trên địa bàn.

Theo đó, tổng số nợ thuế truy thu của 15 bệnh viện theo kết luận thanh tra là trên 46 tỉ đồng. Cục Thuế Cần Thơ đã ban hành các quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với 15 bệnh viện với tổng số tiền hơn 66,5 tỉ đồng, trong đó số nợ thuế gần 47 tỉ và tiền phạt hơn 19,5 tỉ đồng.

Cơ quan thuế TP Cần Thơ (cũ) cũng đã xin ý kiến xử lý và khi có ý kiến của Bộ Tài chính các giai đoạn năm 2020, 2021 và 2024, UBND TP đã chỉ đạo Sở Y tế Cần Thơ (cũ) đôn đốc các bệnh viện thu xếp nguồn tiền để nộp theo kết luận thanh tra và các quyết định của cơ quan thuế.

Theo báo cáo của Sở Y tế TP Cần Thơ, đến nay đã có 12/15 đơn vị nộp tiền thuế vào ngân sách với tổng số tiền hơn 34,8 tỉ đồng. Trong đó có 9 đơn vị hoàn thành 100% nghĩa vụ, một đơn vị đã nộp xong nợ gốc và tiền phạt (còn tiền chậm nộp), hai đơn vị đã nộp xong nợ gốc (còn tiền phạt và tiền chậm nộp).

Tính đến cuối tháng 8-2025, tổng số tiền 6 đơn vị còn phải nộp theo thông báo của cơ quan thuế là hơn 53 tỉ đồng. Trong đó, nhiều nhất là Bệnh viện Đa khoa TP Cần Thơ phải nộp tổng số tiền gần 20 tỉ đồng.

Theo công văn của UBND TP Cần Thơ, ngoài 15 cơ sở y tế thuộc thẩm quyền quản lý của địa phương bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp, còn có Bệnh viện Đa khoa Trung ương Cần Thơ (trực thuộc Bộ Y tế) cũng bị truy thu thuế đối với số tiền khoảng 97 tỉ đồng.

Hiện nay, theo UBND TP Cần Thơ, cơ quan thuế TP Cần Thơ đã và đang thực hiện các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế thông qua việc phong tỏa tài khoản ngân hàng của các bệnh viện chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế theo thông báo.

Theo tờ trình lý giải, việc này có thể dẫn đến mất khả năng sử dụng nguồn vốn lưu động để thanh toán các khoản chi thiết yếu như mua sắm thuốc, vật tư y tế và chi phí vận hành… ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động chăm sóc sức khỏe người dân tại các bệnh viện.

Kiến nghị ngừng áp dụng cưỡng chế thuế, xem xét xóa nợ

Trên cơ sở kiến nghị của các cơ sở y tế công lập trên địa bàn, đề xuất của Sở Y tế, UBND TP Cần Thơ kiến nghị Bộ Tài chính và Bộ Y tế trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét, chỉ đạo Cục Thuế và Thuế TP Cần Thơ ngừng áp dụng các biện pháp cưỡng chế thuế đối với các bệnh viện trên địa bàn và xem xét xóa nợ.

Theo lý giải, thuế thu nhập doanh nghiệp là loại thuế trực thu đánh vào phần thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp sau khi đã trừ các khoản chi phí hợp lý, hợp lệ theo quy định của pháp luật nên về bản chất là đánh vào lợi nhuận trước thuế. Trong khi đó, giá dịch vụ khám chữa bệnh tại các bệnh viện công lập do Nhà nước quy định, hiện chưa đảm bảo “tính đúng tính đủ” toàn bộ chi phí. Vì vậy, hoạt động khám chữa bệnh này không phát sinh lợi nhuận để tính thuế.

Nguyên nhân cơ quan thuế áp thuế thu nhập doanh nghiệp là do các bệnh viện chỉ hạch toán phần doanh thu, chưa tách ra và xác định được chi phí, thu nhập đối với hoạt động khám chữa bệnh theo đơn giá nhà nước, nên tính thuế 2% trên tổng doanh thu bệnh viện.

Đồng thời, đề xuất xin ý kiến của cấp có thẩm quyền cho phép áp dụng cơ chế xử lý nợ đặc thù, cho phép xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt liên quan đến thuế thu nhập doanh nghiệp của các bệnh viện công lập trên địa bàn, giai đoạn trước ngày Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 có hiệu lực.

Giai đoạn sau (căn cứ Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, có hiệu lực từ ngày 1-10), đề xuất miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị sự nghiệp công lập từ cung cấp dịch vụ công (bao gồm cả dịch vụ Nhà nước phải hỗ trợ đảm bảo kinh phí hoạt động) do chưa tính đủ chi phí cung cấp dịch vụ trong giá dịch vụ.